Ông Lê Nhân Phượng có bằng cử nhân khoa học chuyên ngành Kỹ thuật Hàng không Vũ trụ tại Trường ĐH Georgia Institute of Technology (Atlanta, GA, USA). Ông đồng thời cũng là Bác sĩ Y khoa tại Trường Medical College of Georgia (Augusta, GA, USA). Sau đó, ông tiếp tục hoàn tất chương trình nội trú về nội khoa và nhi khoa tại Trung tâm Y tế Đại học Cincinnati (Ohio, USA), nơi ông là Phó Giáo sư khoa Y học lâm sàng. Ông cũng nhận được bằng Thạc sĩ Y tế Công cộng của Trường Đại học Johns Hopkins năm 1998, và bằng Thạc sĩ Quản trị Kinh doanh của Trường Đại học Hawaii (Manoa, HI, USA). Là người Mỹ gốc Việt, bác sĩ Phượng rời Việt Nam từ năm mười tuổi. Sau đó ông đã quay về làm việc tại quê nhà từ năm 1999. Sau khi về nước, ông làm việc với vai trò là Cố vấn Kỹ thuật cho Trường Đại học Y tế Công cộng Hà Nội từ năm 1999 đến năm 2001 trước khi gia nhập Tổ chức Atlantic Philanthropies (AP). Bác sĩ Phượng làm cố vấn cho AP từ năm 2000 trong chương trình Việt Nam và thành lập văn phòng đại diện Hà Nội năm 2003. Từ năm 2003 đến năm 2013, ông trở thành Trưởng Đại diện của AP tại Việt Nam. Ông đồng thời là Giám đốc Chương trình Sức khỏe Dân số toàn cầu của AP, giám sát chương trình tại Việt Nam, Nam Phi và Cuba từ năm 2008 đến năm 2012. Sau khi rời AP, bác sĩ Phượng sáng lập Quỹ Resources for Health Equity (RHE), một tổ chức phi chính phủ theo điều luật US 501(c)(3), với mục tiêu  bảo vệ những quyền lợi cơ bản về sức khỏe và an sinh cho các hoàn cảnh khó khăn và thiệt thòi khắp Đông Nam Á. Với mong muốn hỗ trợ cho các tổ chức xã hội mới nổi tại Việt Nam và sự phát triển chung của các chương trình từ thiện công đồng tại Đông Nam Á, bác sĩ Phượng tham gia vào Hội đồng Quản trị Trung tâm Hỗ trợ Sáng kiến Phục vụ Cộng đồng (CSIP, Việt Nam). Ông cũng là thành viên Hội đồng Quản trị của Quỹ VinaCapital (Việt Nam) và Tổ chức Community and Family Services, International (CFSI, Philippines). Từ năm 2018 đến nay, bác sĩ Phượng đang sống và làm việc tại Băng cốc, Thái lan cho Quỹ CMB với chức danh là Giám đốc Khu vực ĐNA, và Giám đốc Chương trình The Equity Initiative, một chương trình phát triển kỹ năng lãnh đạo về công bằng y tế cho các nước trong khối ASEAN và Trung Quốc.